(1)审核目的不同。内审从改善内部管理的角度出发，通过对发现的问题采取相应纠正、预防措施，推动质量改进；外审是通过对实验室的质量管理体系进行合格评定，确定实验室具备相应的能力，从而为实验室提供认证或其他服务。

　　(2)审核组的组成不同。内审以实验室自己的名义组成审核组，由实验室最高管理者聘任有资格的人员和有关人员实施；外审是第三方认可机构或客户委派审核组，实验室认可由经认可机构考核确认的有资格的人员实施。

　　(3)审核计划不同。内审可编制年度滚动计划，每月审核一个或几个要素，半年或一年覆盖全部要素或部门；外审是短期内审核所有有关部门和要素的现场评审计划。

　　(4)样本量和审核深度不同。内审时间充裕，抽取样本量大，审核较深。外审时间短，抽取样本量和深度相对较小。

　　(5)不符合项分类不同。内审的不符合项按性质分类，可分为体系性不符合、实施性不符合、效果性不符合。外审的不符合项按严重程度分类，分为基本符合但有缺陷、不符合。

　　(6)审核员对纠正措施的处置不同。内审对纠正措施不作具体咨询，但可提方向性意见供参考，内审员对完成情况需跟踪和验证。外审对纠正措施不能作咨询，对整改计划的落实要经审核组长认可，若为不符合项，还可派人到实验室复查。